GeneCards數據庫詳解

GeneCards數據庫連接傳送門如下

在進行基因相關的研究和探索時，我們常常遇到很多問題。比如基因與蛋白質之間的相互作用、基因在不同組織細胞中表達的情況、基因與疾病預後的相關性、某一基因最前沿的研究進展……我們可以用NCBI數據庫看基因的序列，去uniprot查看基因的蛋白功能，而有一個數據庫堪稱“基因數據庫的集大成者”，那就是我們今天要介紹的“Genecards 數據庫”。 Genecards是一個可搜索基因的綜合數據庫，在這裡我們可以獲取到幾乎所有的已知的人類基因的信息。Genecards自動整合來自約150個以基因為中心的數據庫的資源，包括基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、遺傳學、臨床和功能等多方面的信息。如何使用數據庫

Genecards 的基因信息檢索包括以下三種模式：

1. 快速檢索模式；
2. 高級檢索模式；
3. 基因檢索模式。

接下來，我們將以LAYN這個基因為例，逐一舉例演示。 一、快速檢索模式 快速檢索模式包括“關鍵詞“、”基因名“、”基因名/別名“、”基因名/別名/標識符“四種檢索方式，這裡以”關鍵詞“為例進行演示，其餘的三種也並不復雜，大傢可以自己探索。

在檢索框中輸入”LAYN“，然後點擊檢索按鈕，即可獲取到所有包含”LAYN“字眼的基因卡，也就是說，檢索結果中不僅包含瞭”LAYN“基因本身，也包括瞭信息當中提到瞭”LAYN“的其他基因。

從左到右分別是：第一列基因名稱；第二列基因全程；第三列基因類目；第四列的GIFtS 是指Genecards 對基因功能預測程度的評分，分數越高，表示功能註釋信息越多；第五列是基因在Genecards中的編號；第六列的Score反應的是該條檢索結果與檢索條目的相關性，分數越高，說明檢索結果與檢索關鍵詞越相符。 點擊檢索結果前面的“+“號，可以看到更詳細的檢索結果。結果中”LAYN“被標紅顯示，而藍色的字為超鏈接，如果需要瞭解更詳細的相關內容，可以點進相應鏈接。

此外，我們還可以檢索其他關鍵詞，比如“cancer“等，也可以通過檢索詞的組合，實現精確檢索，例如佈爾檢索式——Genecards 支持AND和OR兩種運算，當輸入多個詞時，默認為AND關系，比如檢索”LAYN gastric”，和檢索“LAYN AND gastric”得到的是同樣的結果。比如，如果要檢索LAYN基因相關的lncRNA和假基因，可以輸入” (lncRNA OR pseudogene) AND LAYN“（註意這裡的lncRNA OR pseudogene需要用括號括起來，因為默認情況下AND是優先於OR的）。

二、高級檢索模式 點擊“Advanced“進入高級檢索模式後，我們會看到兩個條件檢索欄。這裡仍然以檢索” LAYN基因相關的lncRNA和假基因“為例。高級檢索模式的檢索策略與其他許多數據庫的類似，即通過AND或OR連接不同級別的檢索詞，在Section中可以篩選期望檢索詞出現在哪一信息板塊。而上方有一欄檢索詞會隨著我們的輸入和設置進行自動變換，方便我們更直觀地查看自己的檢索策略。 看到這裡你可能已經發現，高級檢索模式比快速檢索模式更“高級“的功能即在於”檢索模塊“的限定上，所以當情況更為復雜時，就可以借助高級檢索模式。

三、基因檢索模式

這一檢索模式更為簡單直接，是以基因名稱來直接檢索。檢索得到的界面如下圖，其中基因卡的各欄目就是最核心的部分。

由於數據庫是全英文的，為瞭方便大傢更快上手使用，下面這個表格整理瞭各個欄目所包含的核心內容。

以上就是對Genecards數據庫的介紹和使用指南，如果你有對基因信息檢索的相關需求的話，就趕緊進入數據庫實操試試看吧！