分子對接系列------PDB數據庫(選擇合適的蛋白受體)

PDB蛋白質結構數據庫(Protein Data Bank,PDB)(http://www.rcsb.org/)是美國Brookhaven國傢實驗室於1971年創建的,由結構生物信息學研究合作組織(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,RCSB)維護。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質、核酸和糖)2.5維(以二維的形式表示三維的數據)結構的數據庫,是通過X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實驗手段確定的蛋白質、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結構數據庫。

第一步:搜索蛋白質

第二步:根據左邊的條件縮小范圍,特別關註三個(紅色框標出來的)

①使用何種的實驗方法得到的蛋白結構:X-射線衍射法(X-ray Crystallography)目前仍然是獲取蛋白質三級結構的主要方法;另一個測定蛋白質三維空間結構的方法是核磁共振法(Nuclear Magnetic Resonance, NMR);還有一些不太常用的方法也可以測定分子的三維空間結構,比如冷凍電子顯微鏡技術(Cyro-Electron Microscopy)。

②分辨率:Å是光波長度和分子直徑的常用計量單位,值越小,分辨率越高,結構越準確,我們優先選擇值小的。

③獲得蛋白結構的時間:一般來說,年份越新越好。

第三步:點進去看蛋白的詳細結構

第四步:下載所需PDB格式文件

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